UE暦72年──西暦2021年に襲来した真竜との戦いにかろうじて勝利した人類は、70余年の月日を経て、不十分ながらも復興への歩みを進めていた。

マモノ討伐の最前線である国際自衛軍（ISDF）極東艦隊に所属するルシェ族の伊倉由真（イクラ ユマ）一尉は、艦隊提督ヨリトモから、"生きた対竜兵器"ユウマの「教育係」に任命される。指導と訓練を重ね、絆を深めていくユマとユウマだったが、二人のもとへ、「真竜・フォーマルハウトの復活」が報告される……。

作戦目的：真竜・フォーマルハウトの再討伐。

カルロ・ゼンが紡ぎ、三輪士郎が彩る『セブンスドラゴン３ code：VFD』の前日譚！！